天然药物化学的研究是从有效成分或生理活性化合物的提取、分离工作开始的。在进行提取之前，应对所用材料的基源(如动、植物的学名)、产地、药用部位、采集时间与方法等进行考查,并系统查阅文献，以充分了解、利用前人的经验。
目的物为已知成分或已知化学结构类型，如从甘草中提取甘草酸、连翘中提取连翘甘，金银花中提取绿原酸，或从植物中提取某类成分如总生物碱或总酸性成分时，工作比较简单。一般宜先查阅有关资料，搜集比较该种或该类成分的各种提取方案，尤其是工业生产方法，再根据具体条件加以选用。从中草药或天然药物中寻找未知有效成分或有效部位时，情况比较复杂。只能根据预先确定的目标，在适当的活性测试体系指导下，进行提取、分离并以相应的动物模型筛选、临床验证、反复实践，才能达到目的。这里先简要讨论中草药提取分离的一般原理及常用方法。
从药材中提取天然活性成分的方法有溶剂法、水蒸气蒸馏法及开华法等。后两种方法的应用范围十分有限，大多数情况下是采用溶剂提取法。溶剂提取法系选择适当溶剂将中草药中的化学成分从药材中提取出来。一般如无特殊规定，药料须经干燥并适当粉碎，以利增大与溶剂的接触表面，提高萃取效率。一般而言，植物成分中萜类、甾体等脂环类及芳香类化合物因为极性较小，易溶于氯仿、******等亲脂性溶剂中;而糖苷、氨基酸等类成分则极性较大，易溶于水及含水醇中;至于酸性、碱性及两性化合物，因为存在状态(分子或离子形式)随溶液 pH 不同而异，故溶解度将随pH的改变而改变。但是，从药材中提取活性成分时，由于存在多种成分间的相互助溶作用，情况要复杂得多。因此，从药材中提取活性成分很难有一个固定的模式。通常须根据提取要求、目的成分及杂质的性质差别以及溶剂的溶解能力来确定。一般，可将固体药材按提取用溶剂的极性递增方式，用不同溶剂，如石油醚或汽油(可提出油脂、蜡、叶绿素、挥发油、游离甾体及三萜类化合物)、氯仿或乙酸乙酯(可提出游离生物碱、有机酸及黄酮、香豆素的苷元等中等极性化合物)、丙酮或乙醇、甲醇(可提出苷类、生物碱盐以及鞣质等极性化合物)及水(可提取氨基酸、糖类、无机盐等水溶性成分)依次进行提取。得到的各个馏分经活性测试确定有效部位后再作进一步分离。另外，也可将药材直接用乙醇、含水乙醇或含水丙酮提取，提取液浓缩成膏，减压喷干燥成粉后，再用上述不同溶剂进行分步处理。
